Galaxy安装:

安装环境：

• UNIX/Linux or Mac OSX
• Python 3.6 or 3.5

如何在centos安装python3.6 或python3.5 请看教程。

1.先创建一个文件夹

mkdir Galaxy

2.去到Galaxy

cd Galaxy

3.clone Galaxy from Git:(对于个人)

git clone -b release_20.01 https://github.com/galaxyproject/galaxy.git

4.进入到gakaxy repository

cd galaxy

5.启动Galaxy

sh run.sh

这个代码第一次使用的时候，会等待很久的，因为需要下载和配置很多东西

6.sh run.sh这个代码会启动Galaxy server 在http://localhost:8080

因为我们使用的是实验室服务器，所以，我们要将8080这个端口在防火墙打开，以便我们访问

sudo firewall-cmd --zone=public --permanent --add-port=8080/tcp
sudo firewall-cmd --reload #一定不要忘记这句话
sudo firewall-cmd --list-ports # 查看端口是否打开成功

7.如果需要暂停Galaxy，同时按住：Ctrl + C

8.为了能够设置端口号，将configure信息复制

cp config/galaxy.yml.sample config/galaxy.yml

9.修改galaxy.yml， 使galaxy可以在远程查看

输入代码： vim config/galaxy.yml
修改内容：
将http: 127.0.0.0.1:8080改成 http: 0.0.0.0:8080
保存退出

（远程查看使用的地址是 http://主机ip地址:8080)

10.重启galaxy(注意： 需要先进入到主目录galaxy下，才可以使用)

sh run.sh

11.后台运行galaxy（一般运行Linux上的程序都是执行.sh文件）

nohup sh run.sh &

12.后台停止galaxy

>>> 查看8080这个端口号是哪个进程在使用： lsof -i:8080
>>> 然后使用kill命令终止： kill -9 进程号

参考： get-galaxy