我的配置环境是：

• centos 7
• python 2.7
• python 3.5

使用python时，直接打开的时python3.5.

对于利用python安装Planemo，第一步首先设置virtualenv(虚拟环境） 一开始我也没有意识到这要求的python一定得是python3以上的来实现虚拟环境， 傻傻地使用教程来安装Planemo， 然后是一路艰辛、一路bug。折腾了一整天才勉强安装上planemo。 结果后续使用planemo提示需要使用的是python3.才意识到即使在虚拟环境中还是被默认为python2.7的版本。

所以这个坑踩的有点深。

以下便是安装planemo的过程：

1. 创建虚拟环境：

   python3 -m venv venv_dir  # 创建虚拟环境venv_dir， 会自动生成venv_dir文件夹
   

   

2. 激活环境变量 source ./bin/activate 这个命令也是再次进入虚拟环境的命令。

   cd venv_dir/
   source ./bin/activate  #激活环境后所有的操作都在该虚拟环境中进行，不会到全局的python环境和其它python虚拟环境。 
   

3. pip升级

   pip install "pip>=7"
   pip install --upgrade pip
   

   

4. 安装planemo

   pip install planemo #如果这个代码出错的话，试试： pip install -U git+git://github.com/galaxyproject/planemo.git
                    #如果还是不行，试试输入这个看看： pip install --upgrade setuptools 
   

参考：

1. python虚拟环境设置
2. planemo Quick Start